N64エミュレーターで使用できるプラグインは ビデオプラグイン、オーディオプラグイン、インプットプラグイン、RSPプラグインの4種類がある。プラグインには、Project64の作者の一人であるZilmar氏が提唱するZilmar形式(Zilmar Spec)と、Mupen64Plusが採用するMupen64Plus形式(Mupen64Plus v2.0 Plugin API)の2種類がある。