海外フォーラムには投稿したけど特にサイトに書いてなかったし掲示板の方に書込みがあったのであらためて。64DDのIPLROMは0xA6000000-0xA63FFFFFFF(0x06000000-0x063FFFFF)までの32Mbitの領域にわりあてられています。吸い出すにはゲームシャーク（PAR3）と吸い出し位置をIPLROMの位置に書き換えた書き換えたユーティリティーを使用し、N64本体に64DDを取り付けた状態でゲームシャークを起動、ゲームシャークのメニューを表示させた状態でユーティリティーからGrab ROMでイメージを保存すればOKです。
※パッチを作成しました。
[DL: 64DD IPLROM Dumper patch]
下記サイトからWin2k/XPに対応したユーティリティーがあるのでそれを書き換えてみました。「N64 Version 3 Utilities Hi-Res Patch」というファイルをダウンロードしパッチを適用してください。
エミュレータで動作させるにはイメージを編集する必要があり、オフセット0x00000000にある80 27 07 40を80 37 12 40に変更、さらにオフセット0x00000040から00001000までをスーパーマリオ64、ゼルダなどCIC-NUS-6102/5をもつロムからデータをコピペして保存します。
Project64や1964では動作しませんがdaedalus, UltraHLE2064で動作するようになります。
※2022/9/25 追記
64DD Dump Toolで簡単に吸い出しできるようになりました。
64DD Dump Tool v1.0-beta3 リリース